Okulumuz, Milli Eğitim Bakanlığı´nın 01.07.1968 tarihli yazısı üzerine, ilk olarak 1968–1969 eğitim-öğretim yılında, ilçemizde bulunan Fatih İlkokulu binasında eğitim-öğretime başlamış ve 1969 yılında da yapımı tamamlanan şimdiki kendi binasına taşınmıştır.
Okulumuzun ilk müdürü Ahmet UŞAKLIOĞLU´dur.
Ahmet UŞAKLIOĞLU emekli olunca yerine Erbil SINAY, müdür olarak atanmıştır.
Erbil SINAY da Akhisar Lisesi´ne müdür olarak tayin olunca, müdür yardımcısı olarak görev yapan Kasım OĞUZ, okul müdürlüğüne atanmıştır.
Kasım OĞUZ, istifa edip müdürlüğü bırakınca, ilçemiz Ballıca Köyü Ortaokul müdürü olan Mehmet ÖZKÖK, 1987 Yılında okulumuza müdür olarak atanmış ve bu görevini aralıksız olarak 16.08.2004 tarihine kadar yürütmüştür.
Mehmet ÖZKÖK, aynı tarihte emekliye ayrılınca, 1988 yılından beri okulumuzda müdür yardımcılığı görevini yürüten Saffet ÖZTÜRK,16.08.2004 tarihinden itibaren okul müdür vekilliği görevini yürütmüştür.
Daha sonra okul müdürlüğüne, Süleymanlı İlköğretim Okulu Müdürü İsmail İBAŞ atanmış ve 16.08.2006 tarihinde göreve başlamıştır.
Okul Müdürü İsmail İBAŞ, 31.12.2007 tarihinde mahkeme kararı ile tekrar Süleymanlı İlköğretim Okulu Müdürlüğüne atanınca müdür vekilliğini, okulu müdür yardımcısı Saffet ÖZTÜRK 'e bırakmıştır.
Müdür Yardımcılığı görevini yürüten Saffet ÖZTÜRK, aynı tarihten itibaren okul müdür vekilliği görevini tekrar yürütmeye başlamıştır.
Daha sonra okul müdürlüğüne, Yavuz Selim İlköğretim Okulu Müdürü Tufan ÇELİK atanmıştır.
Süleymanlı İlköğretim Okulu Müdürü iken, Akhisar Çağlak Anadolu Lisesi Müdürlüğüne atanan İsmail İBAŞ, mahkeme kararı ile Akhisar Atatürk İlköğretim Okulu Müdürlüğüne atanınca, 12.10.2010 tarihinde göreve başlamıştır ve halen bu görevi sürdürmektedir.
Okulumuzda gündüzlü ve karma olarak eğitim-öğretim verilmektedir. 27.05.1997 tarihinde Valilik onayıyla Okulumuzun adı Atatürk İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiş ve bünyesine I. kademe öğrencileri de kabul edilerek, 8 yıllık İlköğretim Okulu olarak eğitim ve öğretim hayatına devam etmektedir.
Okulumuz bünyesinde 39 öğrencinin eğitim-öğretim gördüğü Anasınıfı da bulunmaktadır.
Okulumuzda 1998–1999 eğitim-öğretim yılından itibaren taşımalı ilköğretim sistemi kapsamında çevre köylerden gelen 117 öğrenci öğrenim görmektedir.
2004–2005 eğitim-öğretim yılı başından itibaren taşıma sistemle öğrenim gören öğrencilere tabldot ile sulu yemek verilmektedir. Okulumuzun salonu, satın alınan plastik masa ve sandalyelerle yemekhaneye dönüştürülmüştür.
2012-2013 Eğitim-öğretim yılında, Manisa Valiliği 'nin ve İl Milli Eğitim Müdürlüğü 'nün, 15 Haziran 2012 Tarih ve 19909 Sayılı Onay Yazısı ekindeki, 6287 Sayılı İlköğretim ve Eğiti Kanunu ile bazı kanunlarda değişiklik yapılmasına dair kanun ve 2012/20 Nolu 12 Yıllık Zorunlu Eğitime Yönelik Uygulamalar Genelgesi kapsamında Manisa ili Dönüştürülen Okullar Listesine göre, Akhisar Atatürk İlköğretim Okulu, Akhisar Atatürk Ortaokulu ve Akhisar Atatürk İlkokulu olarak, birbirinden ayrılmıştır. Ancak, iki okulunda bir arada, aynı binada tam gün, Normal eğitim-öğretime, Akhisar Atatürk Ortaokulu ve Akhisar Atatürk İlkokulu olarak devam etmiştir.
02/06/2014 tarihli valilik oluruyla okulumuzun ismi Atatürk Ortaokulu olarak değiştirilmiş ve 2014-2015 Eğitim Öğretim yılından itibaren ortaokul olarak tam gün eğitim öğretime devam etmektedir.